Десять лет прошло с тех пор, как завершилась кровопролитная битва между кланами Ига и Кога, оставившая за собой пепел и разрушения. С тех пор мир в Японии был восстановлен, и два великих клана ниндзя жили в относительном мире. Однако тень прошлого всё еще дремал в сердцах некоторых людей, и вот появилась загадочная группа, желающая снова навести хаос на страну. Их появление вызвало страх у жителей, их целью было снова подогнать Японию к гране гражданской войны.
Шаг за шагом они уничтожали все на своем пути, пока не решили обратить свое внимание на кланы Ига и Кога, последние стражи мира в стране. Ниндзя, представители этих кланов, были готовы вновь встать на защиту Японии и пожертвовать своими жизнями, чтобы сохранить мир и порядок. Они были последней надеждой страны, последней преградой перед насущной угрозой.
Теперь судьба Японии снова лежала в руках ниндзя, их предстояло сразиться со злом, которое возродилось из пепла прошлого. Будущее страны зависело от того, на что они готовы пойти, чтобы противостоять этой новой угрозе.
