Исчезновение Харухи Судзумии

В середине декабря глава бригады SOS, Судзумия Харухи, объявляет, что Рождество пройдет в комнате клуба за рождественским ужином, и все начинают готовиться к этому событию. Но вскоре Кён становится свидетелем странных событий - Танигути вдруг заболел и перестал помнить вчерашние разговоры, в классе нет Харухи, а место заняла Рёко Асакура, которая ведет себя так, будто ничего не изменилось. Микуру Асахина не узнает Кёна, а Нагато превратилась в обычную девушку, единственную член литературного клуба. Казалось бы, бригада SOS и Харухи никогда не существовали в этой школе. Все это заставляет Кёна подозревать, что что-то не так с реальностью, и он начинает исследовать происходящее, чтобы разгадать тайну этой загадочной ситуации. Исследуя историю и взаимоотношения между членами бывшей бригады SOS, он сталкивается с невероятной правдой о мире, где все оказалось не так, как казалось изначально.