Два года прошли с тех пор, как Ёродзуи разошлись по своим делам. Гинтоки отправился исследовать таинственную Альтану, в то время как Кагура объезжает космос в поисках способа вернуть прежний облик своему верному другу Садахару. Шинпачи, в свою очередь, старается сохранить оставшееся от их общего дома. Однако над городом сгущаются тучи - остатки Тендошу начинают снова использовать Альтану в своих зловещих планах.
Настало время для друзей встать на защиту своего родного Эдо и выполнить последнее желание Шоё Йошиды. Они должны объединиться и противостоять силам зла, чтобы спасти не только город, но и свое собственное будущее. Возможно, это будет их последний шанс вернуть мир и спокойствие в свои жизни, стоя перед опасностью и неизвестностью. Но даже в лице смертельной угрозы они готовы пойти на все ради своей родины и друзей.