Действие аниме "Кланнад" разворачивается в старшей школе, находящейся на холме в маленьком японском городке. Окадзаки Томоя - ученик третьего класса, который не слишком заботится о учебе. В глазах одноклассников он выглядит как хулиган, всегда опаздывает на занятия и имеет не слишком много друзей, за исключением близкого друга - раздолбая Ёхэя Сунохара. Но все меняется, когда Томоя встречает Нагису Фурукава, девушку, оставшуюся без друзей после того, как все её одноклассники закончили школу. Изначально он немного не заботился о ней, но, увидев её одиночество, начал помогать. В процессе он знакомится с еще несколькими девушками из своей школы, и, хотя поначалу не проявляет к ним особого интереса, вскоре открывает своё сердце и начинает заботиться о них. Таким образом, рассказывается история о дружбе, любви и понимании в мире подростковой школьной жизни.