Новый сезон аниме начинается с пробуждения главного героя, который был в смертельном сражении в конце предыдущего сезона. Он обнаруживает, что прошло 260 лет с тех пор, как погибла эпоха Эдо, и теперь началась эпоха Мэйдзи. Мир изменился за это время: огнестрельное оружие стало основным средством борьбы, и многие воины Синсэнгуми оказались лишь предметами истории.
Оставшиеся в живых воины Синсэнгуми решают объединить усилия с кланом Айдзу, чтобы противостоять новым угрозам. Они понимают, что численное превосходство соперников делает каждое решение и каждое действие критически важными для выживания. Вместе они сталкиваются с различными испытаниями и опасностями, стараясь найти путь к победе в новом мире, где прежние правила уже не действуют.
Однако на пути героев встречается не только враждебная внешняя угроза. Проблема с таинственным Расэцу, которая так долго оставалась нерешенной, дает о себе знать с новой силой. Главному герою и его союзникам предстоит исследовать прошлое и настоящее, чтобы спасти будущее от опасности, которая угрожает не только их самих, но и всему миру вокруг.