Z/X: Код воссоединения

После длительной войны между человечеством и зексами, существами из параллельных миров, наступило хрупкое перемирие. Однако судьба миров оказалась в руках маленькой, но решительной девочки по имени Адзуми Кагамихара и ее партнера по бою - зекса по имени Ригель из Голубого Мира. Прежде чем приступить к выполнению своей миссии, Адзуми отправляется учиться в Академию Фудзимисаки - специальное учебное заведение, где готовят подобных партнеров. Там она знакомится с другими девочками, с которыми им предстоит пройти через множество испытаний, тренировок и испытаний. Вместе они становятся неразлучными товарищами, поддерживая друг друга на пути к победе.