Существует два способа жить в этом мире: жить так, будто чудес не бывает... или так, словно они нас окружают. Токийские эсперы - история о Ринке, девушке из бедной семьи, живущей в Токио с отцом, который безработный. Ринка не верит в чудеса, но однажды, возвращаясь домой, она видит летающего пингвина. Это лишь начало странных событий - на следующий день Ринка обнаруживает, что может проходить сквозь твердые предметы.
Это не только изменяет жизнь Ринки, но и влияет на других людей. Она становится объектом интереса как для научников, так и для других эсперов, людей с таинственными способностями. Ринка оказывается втянута в мир, где чудеса и сверхъестественные явления являются обычным явлением, где каждый имеет свою собственную историю и тайны. Её способность проходить сквозь предметы может стать ключом к разгадке многих загадок и тайн мира эсперов.
Чем глубже Ринка погружается в это новое и невероятное окружение, тем больше она понимает, что её жизнь уже никогда не будет прежней. Она вынуждена выбирать сторону в борьбе между теми, кто стремится использовать её способности для своих целей, и теми, кто хочет помочь ей освоить их. Сможет ли она найти свой путь в этом новом мире, где чудеса реальность, а тайны тают на глазах?