Человечество на грани вымирания после атак негуманоидной расы, и оставшиеся выжившие на корабле-гиганте «Сидония» отправляются в космос в поисках нового дома. Ученые разрабатывают специальные средства для борьбы с врагом, а военные освоили их, готовясь к защите корабля. Нагатэ Таникадзэ провел большую часть своей жизни в отдалении, только под опекой Хироки Сайто. Но после смерти деда Нагатэ вынужден покинуть свою укрытую жизнь и присоединиться к борьбе с Гаунами. Его навыки пилотирования, освоенные на тренажере, помогут ему и всей команде корабля в схватке с врагом. Фильм является укороченной версией популярного сериала и погружает зрителя в захватывающий мир космической битвы за выживание человечества.