Сразу после завершения строительства космического подъёмника «Эндимион» в Академия-Сити, главный герой Тома Камидзё и его подруга Индекс случайно встречают Арису Мэйго - эспера нулевого уровня. Однако их спокойную жизнь нарушает «Ассоциация магов», которая начинает преследовать Арису и атаковать город. Для защиты Академия-Сити формируется движение сопротивления под руководством Шатаура Секвенции. Постепенно выясняется, что Арису может стать орудием в разгорающейся войне между магией и наукой. Герои понимают, что им придется бороться не только за свою жизнь, но и за будущее мира, где технологии и магия могут столкнуться во весь рост. Стэйл Магнус помогает им разгадать тайны и загадки, с которыми сталкиваются в этой опасной игре интересов и сил. Но смогут ли они предотвратить катастрофу, которая грозит поглотить все войной между двумя мирами? Для Томы, Индекс и их союзников наступает самое испытание - спасти не только себя, но и всех жителей города от ужасающей угрозы, подстерегающей их из теней.