После того, как Макото Юки перевелся в частную академию Гэккокан, на него напал странный монстр, называемый Тенью. Этот инцидент пробудил в нем необычную силу, способность вызывать Персону. Секретный школьный клуб SEES, борющийся против загадочных Теней, увидел огромный потенциал в Макото и предложил ему присоединиться к ним. Изначально равнодушный к предложению, Макото постепенно начал постигать истинное значение дружбы и солидарности с товарищами.
Но теперь лето наступило, и хотя битва с Тенями далека от завершения, расследование продолжается. Вместе друзья ищут способ окончательно покончить с угрозой "Темного часа". Однако Макото испытывает внутренние сомнения и страх, боясь потерять единственную связь, которая связывает его с этой непредсказуемой борьбой и с любимыми друзьями. Возможно, его самоотверженность и верность будут подвергнуты испытанию, и только время покажет, на что он на самом деле способен, когда ставка - не только его собственная жизнь, но и жизни его друзей.
