Прошло два года с тех пор, как остров Тацумия был освобожден от угрозы фестумов. Жизнь медленно возвращалась к привычной колеи, но Кадзуки Макабэ все еще не мог забыть обещание, данное Соси Минасиро перед исчезновением. Его надежды начали угасать, пока однажды на берегу не появилась подводная лодка с загадочным юношей по имени Мисао Курусу. Он утверждал, что послан Соси, возрождая старую вражду между людьми и фестумами.
С появлением Мисао, пилотам фафниров пришлось вновь встать на защиту человечества в самой важной битве их жизни. Новая угроза заставила Кадзуки и его товарищей встретиться со старым врагом в схватке, которая должна была определить судьбу обеих рас. Наступило время для решающей схватки, где любая ошибка может стоить человечеству дорого. Все надежды возлагались на пилотов фафниров, которым предстояло принять решение, способное изменить их мир окончательно.