Высылка флота колонизационных кораблей в космос была последней надеждой человечества на выживание, подвергшегося атаке инопланетных пришельцев — Зентреди. Именно на одном из таких кораблей, «Макросс Фронтир», произошло нечто, что навсегда изменило жизнь старшеклассника Саотомэ Альто. Во время концерта поп-идола Шерил Ноум флот настигла неожиданная атака неизвестных существ, принеся разрушение и хаос. В защиту молодой Ранки Ли, Альто вынужден был занять место погибшего пилота в боевом юните. Его действия не остались незамеченными, и частная военная компания «S.M.S. Skull Squadron» предложила ему присоединиться к их рядам. Так началась его новая жизнь, полная опасностей и битв за защиту друзей и флота. Альто стал защитником «Макросс Фронтир», где каждый день приносит новые испытания и вызовы.
